常盤莊吾與桐生戰兔的世界發生了異變，宛如被其他人取代一般，同伴們的記憶逐漸消失。此外，一名自稱為超級時劫者‧泰德的人出現在兩人面前。他創造出了異類電王與異類W兩隻怪人，並派遣他們追捕一位名叫信吾的少年，在保護信吾的對戰過程中，莊吾與假面騎士迷的少年久永當相遇。  

另一方面，隻身挑戰泰德的戰兔卻慘遭敵人的洗腦操控…！在強大的敵人面前試圖保護信吾的莊吾，卻被永久當告知了一件驚人的事實：「假面騎士是虛構的。」   永久當與神祕的異魔神締結了什麼樣的契約？而他這句話又代表著什麼樣的含意？ 為何、且又是從何時開始，假面騎士成為了虛構的存在？ 戰況越見撲朔迷離之下，他們來到了初代平成假面騎士的誕生之地九郎嶽遺蹟…。